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Se conoce la existencia de esta iglesia dedicada a  San Miguel  desde el año 1145. En 1174 se registra un documento relativo al conflicto y la concordia referente a su propiedad, rentas y prerrogativas, entre el obispo de Pamplona y el abad de San Juan de la Peña. Anteriormente, en 1147 hubo otra firma similar con los mismos intervinientes sobre las iglesias construidas en Estella, aunque no se cita San Miguel expresamente, era una de las que fueron objeto de los conflictos entre ambos litigantes. En 1187 en un documento del rey Sancho VI el Sabio, hace una donación a los pobladores del parral que se encontraba "circa Sanctum Michaelem de Stella". De 1189 existe un diploma que trata de la venta de dos casa de esta parroquia y en 1195 el capellán de la iglesia, Pedro, actúa como testigo en un contrato de arrendamiento.

La iglesia de San Miguel es una construcción de tres naves  de un románico tardío a la que accedemos por su famosa portada del muro norte, una de las más ricas en decoración de las que se conservan en España del periodo correspondiente al románico tardío.

Es de una escultura de gran calidad, gran elegancia y realismo. (En el enlace de la derecha, en el que está la portada numerada, se puede ver una detallada sucesión de imágenes de toda la portada con su explicación correspondiente).

La componen cinco grandes arquivoltas, protegidas por un guardalluvias;  enmarcan el tímpano y descansan en una bella imposta  corrida, que da paso a cada lado, a cinco capiteles  sobre columnas lisas. En ambas enjutas, relieves y debajo de éstas y de la imposta antes comentada, otro grupo de relieves.

En las cinco arquivoltas, las dovelas  están talladas (setenta tallas) en sentido de la curva, de derecha a izquierda, con representaciones de vida de  santos y los martirios a los que fueron sometidos; temas evangélicos; patriarcas y profetas; ancianos del Apocalipsis, sentados tocando instrumentos musicales; y ángeles turiferarios. La correspondiente al  guardalluvias, tiene unas figuras alargadas de pie. 

Enmarcan un tímpano con Cristo en majestad, rodeado de una mandorla polilobulada con una inscripción que  dice: NEC DEVS EST NEC HOMO PRESENS QVAN CERNIS IMAGO / SED DEUS EST ET HOMO QVEN SACRA FIGURAT INMAGO "Ni es Dios ni es hombre esta imagen que contemplas, sino que es Dios y hombre esta imagen que contemplas"; a su alrededor los tetramorfos y a cada lado una mujer y un hombre de difícil identificación. Se asienta el tímpano directamente sobre dos ménsulas representando cabezas de leones; en el de la izquierda asoma por su boca una cabeza humana y en el de la derecha, unos pies.

Los diez capiteles, cinco por cada lado, de fina y hermosa talla, empiezan por la izquierda con la Anunciación y sigue: la Visitación, Nacimiento de Jesús, ángel anunciando a los pastores, Reyes Magos y Presentación en el Templo; a la derecha, huida a Egipto, Reyes Magos ante Herodes, matanza de los Inocentes, consejo de Herodes; en los dos últimos capiteles de la derecha, aparecen una serie de personas clavando lanzas y espadas a arpías.

En la enjuta del lado izquierdo, se representan cuatro apóstoles de talla marcada y postura hierática; debajo de la imposta, la victoria del arcángel San Miguel sobre el diablo en forma de dragón, con otro ángel a su lado,  y más a la derecha la Psicostasis, o pesaje de las almas por San Miguel, a su izquierda un anciano con niños en su regazo, que representan las almas, y a la derecha el diablo disputándole otra.

En la enjuta de la derecha, otros cuatro apóstoles y debajo de la imposta, la Resurrección de Cristo, representada por el sepulcro vacío con dos ángeles, uno a cada lado, y a su derecha las Santas Mujeres, con una inscripción aclaratoria: SVRREXIT, NON EST HIC. MARIA MAGDALENE, MARIA JACOBI, ALTERA MARIA.

Hay otros pequeños relieves repartidos por ambos lados sin ningún significado específico.

La iglesia es de tres naves y tiene el ábside central y los dos laterales con bóveda de horno. Las cubiertas de las naves que le siguen, son ya de estilo gótico. A pesar de las modificaciones y recrecimientos posteriores, son románicos de la primitiva construcción, los muros  perimetrales y el triforio, los pilares que separan las naves, -cruciformes con columnas adosadas a los frente y otras  más pequeñas acodilladas, con capiteles de talla estilo cisterciense, pencas y hojas-, hasta el comienzo de las bóvedas.

Al exterior, el ábside central, se divide verticalmente con columnas de las que desparecieron los capiteles, y horizontalmente en tres tramos. En el segundo vemos tres vanos; el del centro es el más hermosos con cuatro arquivoltas baquetonadas y ligeramente apuntadas, descansando en cuatro columnas con capiteles figurativos representando: un bailarín y un músico, unos jinetes enfrentados y animales. Las dos laterales, son más sencillas, con una sola arquivolta de las mismas características y capiteles de aves y arpías. Y en el ábside del lado de la Epístola, hay un vano de medio punto abocinado con una arquivolta sobre columnas con capiteles de decoración vegetal en una lado, y en el otro una serpiente.

En el lado de la Epístola hay una gran portada abocinada, con cinco arquivoltas baquetonadas que descansan en una imposta, ésta da paso a tres columnas a cada lado. Tiene unos capiteles con representaciones vegetales, tipo cisterciense, hojas y pencas, y entre ellos, unas curiosas cabezas humanas.